U te tri sezone Bobek je oblikovao i igrački usavršio čuvene „Partizanove bebe“ koje su u sezoni 1965/66 stigle do finala Kupa evropskih šampiona, tako da se može reći da je upravo on njihov fudbalski otac.
Po odlasku iz Partizana trenirao je varšavsku Legiju (u kojoj je i počeo trenersku karijeru 1959. godine) i atinski Panatinaikos, sa kojim je uzeo dve titule prvaka i jedan kup Grčke. Na klupu Partizana ponovo je seo u jesen 1967. i tu ostao pune dve godine, do jeseni 1969. godine.
Kasnije ga je trenerska karijera odvela u Olimpijakos, Altaj iz Izmira, zagrebački Dinamo (od 1972. godine), ponovo u Panatinaikos u sezoni 1974/75, da bi inostranu trenersku karijeru završio u Esperanci iz Tunisa.
Od 1978. do 1981. popularni Štef je radio u Jugoslaviji, trenirajući skopski Vardar i zemunsku Galeniku, današnji Zemun. Karijeru trenera je morao da prekine usled srčanih problema.
U istoriji Partizana veoma malo je ljudi koji su dali toliki doprinos i kao igrači i kao treneri, kao što je to uradio Stjepan Bobek.Kada se na njegove uspehe doda činjenica da je Štef važio za velikog čoveka i džentlmena sjajnih manira, utisak o njemu postaje potpun.
Iako rođeni Zagrepčanin, slavu i ime je stekao u Beogradu, u kojem je zasnovao i porodicu. Beograd ga je prihvatio kao svog, da bi na kraju Beograd postao i njegova večna kuća.