Treneri: Miodrag Ješić (od početka sezone do januara 2007), Miroslav Đukić (od 09.01.2007)
Partizan u Kupu Srbije 2006/07:
Stevan Jovetić 4/3, Nebojša Marinković 3/1, Marko Lomič 3/1, Milan Smiljanić 3/1, Albert Nađ 3/0, Branimir Bajić 3/0, Nemanja Rnić 3/0, Miloš Mihajlov 3/0, Marko Markovski 2/2, Dragan Radosavljević 2/0, Miloš Bosančić 2/0, Ivica Kralj 2/0, Mladen Lazarević 2/0, Žarko Lazetić 2/0, Nenad Marinković 2/0, Đorđe Lazić 2/0, Ivan Radovanović 2/0, Ivan Tomić 2/0, Antonio Rukavina 2/0, Nikolas Asprogenis 1/0, Predrag Lazić 1/0, Aco Stojkov 1/0,Bojan Zajić 1/0, Darko Maletić 1/0, Asen Nikolov 1/0, Obiora Odita 1/0, Đorđe Pantić 1/0, Ljubiša Vukelja 1/0.
Rezultati FK Partizan u Kupu Srbije 2006/07
Šesnaestina finala: Partizan - ČSK 3-0
Šesnaestina finala Kupa Srbije, 20.9.2006, Beograd, Stadion Partizana, 1.152 gledaoca, strelci: Lomić 42', Markovski 48', Jovetić 86'
Partizan: Pantić, Mihajlov, Lomić, Nađ, Bajić, Lazarević, Tomić, Nikolov (Radosavljević), Nenad Marinković (Radovanović), Markovski, Stojkov (Jovetić)
Osmina finala: Partizan - Srem 2-0
Osmina finala Kupa Srbije, 26.10.2006, Beograd, Stadion Partizana, 2.540 gledalaca, strelci: Jovetić 24', Markovski 83'
Partizan: Kralj, Rnić, Radosavljević, Nađ, Mihajlov, Bajić, Lazarević (Bosančić), Smiljanić, Odita (Markovski), Nebojša Marinković (P. Lazić), Jovetić
Četvrtfinale: Mladost (A) - Partizan 0-3
Četvrtfinale Kupa Srbije, 14.3.2007, Apatin, Stadion "Rade Svilar", 2.500 gledalaca, strelci: Jovetić 10', Smiljanić 15' (pen.), Nebojša Marinković 53'
Partizan: Asprogenis, Rukavina, Lomić, Tomić, Mihajlov (Radovanović), Rnić, Smiljanić, Đ. Lazić, Jovetić, Nebojša Marinković (Bosančić), Lazetić (Vukelja)
Polufinale: Crvena zvezda - Partizan 1-0
Polufinale Kupa Srbije, 18.4.2007, Beograd, Stadion Crvene zvezde, 11.576 gledalaca
Partizan: Kralj, Rukavina, Lomić, Nađ, Rnić, Bajić, Smiljanić, Nebojša Marinković, Maletić (Nenad Marinković), Đ. Lazić (Zajić), Lazetić (Jovetić)
******
Shodno promenama u državi i usled odvajanja Crne Gore, i nacionalni kup se od ove sezone zvao Kup Srbije, odnosno Lav Kup Srbije, po imenu sponzora. Prve dve runde donele su nam lakše rivale. Prvo ČSK iz Čelareva, sa kojim se Partizan već sastajao u ovom takmičenju, a onda i Srem iz Sremske Mitrovice. Oba meča Partizan je rutinski rešio u svoju korist. ČSK je savladan sa 3-0, a Srem sa 2-0. Na obe utakmice šansu su dobijali i rezervisti, pa su tako na ovim mečevima nastupali neki od danas skoro zaboravljenih igrača – Markovski, Nikolov, Radovanović, Stojkov…
Ipak, strpljenje trenera Ješića za Asena Nikolova isteklo je već u 38. minutu utakmice protiv ČSK-a kada je zamenjen, što je bila “labudova pesma” ovog bugarskog igrača u Partizanu. Još jedan kuriozitet vezan je za susrete protiv prva dva rivala u Kupu Srbije: na utakmici protiv Srema, gol gostiju branio je Milan Lukač, koji će osam godina kasnije ući u istoriju „večitog derbija“, kada je upravo kao golman Partizana odbranio dva penala igračima Crvene zvezde!
Miodrag Ješić je na kraju jesenje polusezone, usled svih dešavanja u klubu i oko kluba, podneo ostavku, ali je izborio plasman u četvrtfinale kupa. Zamenio ga je Miroslav Đukić, a njegov prvi ispit u Kupu Srbije bilo je gostovanje protiv još jedne ekipe iz Vojvodine – apatinske Mladosti. Rutinska pobeda „crno-belih“ od 3-0 donela je plasman u polufinale a tamo nas je čekala Crvena zvezda.
Samo sedam dana posle poraza od istog rivala u šampionatu, čime je odlučena trka za titulom, desio se identičan rezultat i u kupu, i takođe oproštaj Partizana od borbe za trofej. Minimalan poraz od 0-1, isključenje Rnića, i jalovi pokušaji Partizana da do kraja izmeni rezultat. Tako je Partizan za samo sedam dana ostao bez šanse za neki od trofeja, a remont ekipe bio je preko potreban.
Kup je osvojila Crvena zvezda, pobedivši Vojvodinu u finalu. Što se tiče Partizana, najbolji strelac u ovoj sezoni Kupa Srbije bio je Stevan Jovetić, sa tri postignuta gola, Markovski je dva puta bio strelac, a Lomić, Smiljanić i Nebojša Marinković po jednom.