Trener: Miodrag Ješić
Partizan u Kupu Jugoslavije 1999/00:
Mateja Kežman 2/2, Saša Ilić 2/1, Radiša Ilić 2/0, Mladen Krstajić 2/0, Igor Duljaj 2/0, Goran Trobok 2/0, Ivica Iliev 2/0, Goran Obradović 2/0, Dragan Stojisavljević 2/0, Andrija Delibašić 1/1, Branko Savić 1/0, Zoltan Sabo 1/0, Marjan Gerasimovski 1/0, Vuk Rašović 1/0, Milivoje Ćirković 1/0, Vladimir Ivić 1/0, Aleksandar Stanojević 1/0, Ljubiša Ranković 1/0.
Rezultati FK Partizan u Kupu SR Jugoslavije 1999/00
Šesnaestina finala: Partizan - Spartak 4-2
Šesnaestina finala Kupa SR Jugoslavije, 24.11.1999, Beograd, Stadion Partizana, igrano bez prisustva publike, strelci: Kežman 22' (pen.), 53`, S. Ilić 31', Delibašić 60'
Partizan: R. Ilić, Savić, Sabo, Duljaj, Trobok, Gerasimovski, Krstajić, S. Ilić, (Iliev) Obradović, Kežman (Delibašić), Stojisavljević (Ćirković)
Osmina finala: Zemun - Partizan 0-0 (4-3, pen.)
Osmina finala Kupa SR Jugoslavije, 08.12.1999, Zemun, Gradski stadion, 3.000 gledalaca
Partizan: R. Ilić, Rašović, Krstajić, Duljaj, Stanojević, Trobok, Ivić, S. Ilić, Kežman, Obradović (Iliev), Stojisavljević (Ranković)
*****
Ništa novo u Kupu Jugoslavije ni u sezoni 1999/000. Partizan je opet doživeo brodolom u ranoj fazi. Nakon lako pređene prepreke u šesnaestini finala, protiv subotićkog Spartaka, kojeg je Partizan lako savladao sa 4-2 na svom terenu, u osmini finala kuglice su spojile Zemun i Partizan. Ponovila se istorija, tačnije susret iz jeseni 1981, kada je isti tim, tada pod imenom Galenika, eliminisao „crno-bele“.
Istini za volju, ovog puta Zemunci su, za razliku od daleke 1981. godine, uspeh ostvarili na domaćem terenu i posle izvođenja penala (u regularnom toku nilo je 0-0). Posle prve tri serije penala rezultat je bio 3-3, svi izvođači su bili uspešni, a za Partizan su precizno šutirali Rašović, Ranković i Ivić. Četvrtu seriju promašajem počinje Kežman, a igrač domaćih Kruščić dovodi Zemunce u prednost od 4-3. Goran Trobok ima šansu da ostavi Partizan u igri ali ni on nije bio precizan, pa tako Partizan ostaje bez plasmana u četvrtfinale.
Posle silovitog početka sezone u prvenstvu i posebno u Evropi, jesen 1999. je sumorno završena, eliminacijom iz nacionalnog kupa.